2014年9月份（含9月份）之前，机关事业单位的在编人员是不需要缴纳养老保险的，他们退休以后的养老金由国家财政和原工作单位负担，与企业养老制度双轨运行。2015年1月3日国务院发布了《关于机关事业单位工作人员养老保险制度改革的决定》（国发[2015]2号）。该决定自2014年10月1日起实施，标志着机关事业单位开始实行养老保险制度，我国的养老制度双轨制划上了句号。
机关事业单位基本养老保险与企业职工基本养老保险在缴费、待遇的制度规定上是基本相同的，但也有不同的地方。了解了两者的差异，也就基本上了解了机关事业单位养老保险。差异体现在以下两个方面。
一、两个基金各自独立运行
机关事业单位养老保险与企业职工基本养老保险的基金是各自独立运行的。两种养老保险在运行之初都不可避免地要负担已退休人员的养老金和视同缴费工龄。企业职工基本养老保险运行的时间长，已经消化了一部分退休人员和视同缴费工龄。2014年机关事业单位基本养老保险才刚开始运行，如果两类人都由一个基金保障待遇，显然对企业职工来说是不公平的。所以，机关事业单位基本养老保险在启动之初，就将基金独立于企业职工基本养老保险基金之外运行。
二、参加人员有差异
机关事业单位的在编人员应参加机关事业单位基本养老保险，在机关事业单位工作的非在编人员和企业职工应参加企业职工基本养老保险。另外，军队文职人员和计划分配到机关事业单位工作的军队转业干部和退役士兵，也应参加机关事业单位基本养老保险。
